La riqueza actual de la vida en la Tierra es producto de cientos de millones de años de evolución histórica. A lo largo del tiempo surgieron las especies, los ecosistemas y, posteriormente, las culturas humanas que se adaptaron al entorno, descubriendo, usando y modificando los recursos bióticos locales. La biodiversidad es fruto de la domesticación e hibridación de variedades locales de cultivos y animales de cría. Muchos ámbitos que actualmente parecen "naturales" llevan la marca de milenios de habitación humana, cultivos de plantas y recolección de recursos.
La biodiversidad puede dividirse en tres categorías jerarquizadas: los genes, las especies y los ecosistemas, que describen diferentes aspectos de los sistemas vivientes.

Diversidad genética o de genes:
Esta categoría se refiere a la cantidad y variedad de genes que tiene una especie. Comprende los genes de distintas poblaciones de una misma especie, como las variedades de porotos en los vegetales o las diferentes razas en las vacas, y la variación de genes dentro de una misma población, por ejemplo: las diferencias que existen entre las personas que habitan en un pueblo.

Diversidad de especies:
Esta clasificación se refiere a la variedad y cantidad de especies existentes en una región --su "riqueza" en especies--. Una forma de cuantificar la diversidad de especies tiene que ver con la "diversidad taxonómica", es decir, la relación de parentesco existente entre una especie y otra. Se considera que existe mayor diversidad de especies, mientras menos lazos de parentesco existan entre las especies que habitan una zona determinada. Otra forma de dar valor a la diversidad de especies tiene que ver con cuantos lugares geográficos del planeta habita esa especie. Mientras una especie esté más restringida en su distribución, mayor valor tiene por su grado de exclusividad.

Diversidad de los ecosistemas:
Un ecosistema es un lugar determinado donde conviven y se relacionan comunidades de vegetales, animales, microorganismos y poblaciones humanas. Diferenciar entre un ecosistema y otro muchas veces resulta difícil pues no existen fronteras precisas. Por tanto, cuantificar la diversidad de los ecosistemas es más complejo de medir que la diversidad de las especies o la diversidad genética, porque las "fronteras" de las comunidades-asociaciones de especies- y de los ecosistemas no están bien definidas. Además de las categorías antes mencionadas pueden ser importantes otras expresiones de la biodiversidad. Entre ellas figuran la abundancia relativa de especies, la estructura de edades de las poblaciones, la estructura de las comunidades en una región, la variación de la composición y la estructura de las comunidades a lo largo del tiempo, inclusive los procesos ecológicos tales como la depredación, el parasitismo y el mutualismo. En forma más general, y, para alcanzar metas específicas de manejo o de políticas de conservación de la biodiversidad es importante examinar no sólo la variedad de composición -genes, especies y ecosistemas- sino también la diversidad de la estructura y las funciones de los ecosistemas.

Diversidad cultural humana:
Esta categoría se considerara como parte de la biodiversidad. Al igual que la diversidad genética o de especies, existe una diversidad de culturas. Cada cultura presenta ciertas características que están asociadas a las condiciones de vida de esos pueblos, las que con el tiempo van constituyendo tradiciones. Muchas de las expresiones de estas culturas representan "soluciones" a los problemas de supervivencia en determinados ambientes, por ejemplo el nomadismo, la rotación de los cultivos, los ritos de purificación de los alimentos (kosher). Además, al igual que otros aspectos, la diversidad cultural ayuda a las poblaciones humanas a adaptarse a la variación del entorno, y se manifiesta en el lenguaje, las creencias religiosas, las prácticas del manejo de la tierra y selección de los cultivos, la composición de la estructura social, la dieta alimenticia, y en muchos otros atributos de la sociedad humana.